Natagora est active dans tout l'espace Wallonie-Bruxelles. Le grand objectif de l'association est d'enrayer la dégradation de la biodiversité et contribuer au rétablissement d'un meilleur équilibre entre l'homme et la nature. Pour ce faire, elle s'est assigné différentes missions:
- Protéger : près de 200 réserves naturelles Natagora, gérées par de nombreux volontaires sont constituées de milieux diversifiés et souvent menacés. Elles abritent quantité d'espèces rares.
- Étudier : l'identification des menaces, le soutien direct aux espèces les plus menacées et la supervision de nombreux programmes de suivi font partie des préoccupations majeures de l'association.
- S'impliquer : influer sur les décisions politiques, promouvoir la biodiversité, prévoir les atteintes qui pourraient lui être portées, réagir quand nécessaire : les nombreux volontaires de l'association y contribuent au quotidien.
- Éduquer : formations, Centres Régionaux d'Initiation à l'Environnement (CRIE), événements de sensibilisation, mise en réseau des particuliers : Natagora est fortement impliquée dans l'Éducation à l'Environnement.

Son programme éducatif s'adresse:

- aux adultes: formations (ornithologie, éthologie, entomologie, botanique, photo...), visites guidées, ateliers, animations. Son pôle ornithologique "Aves" est particulièrement impliqué dans les questions ornithologiques.

- aux enfants: via les CRIE (Centres régionaux d'Initiation à l'Environnement) d'Harchies et de Modave; des animations (climat et biodiversité, nature...); des dossiers pédagogiques; le groupe Natagora Jeune qui organise des stages pour les 12-25 ans; le service éducatif de l'Aquascope de Virelles (animations, stages...).

- aux écoles : à travers des formations aux enseignants (reprises dans les catalogues CECP et IFC) sous forme de participation active au sein de groupes de travail et de réflexion autour d'un projet centré sur la nature; à travers des animations spécifiques et classes vertes organisées par les CRIE d'Harchies et de Modave et par Nature pour Tous. Ou encore à travers le Réseau Nature Écoles, qui propose l'aménagement d'espaces verts sauvages, avec animations intégrées dans le programme scolaire 

- et aux publics différents: via le programme "Nature pour tous" qui organise des activités diverses (animations, journées d'information, événements grand public, aménagement des sites) accessibles aussi à toutes les personnes qui ont des difficultés d'intégration du fait de handicaps physiques ou mentaux, ou des problèmes d'ordre économiques, sociaux ou culturels.

Natagora organise aussi diverses campagnes de sensibilisation des citoyens, notamment "Recensement des oiseaux de jardin"; "Recensement des papillons de jardin"; "Recensement des hirondelles et martinets"; "Grenouilles sur les routes"; "Nuit Européenne des Chauves-Souris", "Nature au jardin" qui invite à l'intégration et aménagement des jardins au maillage vert.

Basée à Namur (adresse ci-dessous), Natagora dispose également de bureaux à Bruxelles (Rue d'Edimbourg, 26 - 1050 Bruxelles, T. +32(0)2 893 09 91), et à Liège (Aves: Rue Fusch, 3 - 4000 Liège, T. +32(0)4 250 95 90).

NB: l'association Natagora a été créée par Aves et Réserves Naturelles-RNOB dans le but de reprendre une série de missions autrefois assurées par les deux associations-mères.